Protein påvirkes mekanisk af tunge og tænders tyggebevægelser i munden. Nå proteinet synkes glider det gennem svælg og spiserør til mavesækken.
I mavesækken bliver proteinet påvirket af mavesyre og enzymer fra mavesækkens slimhinde, hvorfor proteinet spaltes til polypeptider og peptider, som føres til tolvfingertarmen hvor et andet enzym fra bugspytkirtel omdanne disse til aminosyre, som så kan optages til organismen over tarmepitelet til blodbanen.
Således bliver de enkelte aminosyre til stede cirkulerende i blodbanen og kan sammen med aminosyre fra kroppens nedbrudte proteiner indgå som byggesten til protein ny-dannelse, proteinsyntese, rundt om i kroppen.
Opstår der særlig og vitalt behov for aminosyre kan kroppens proteiner nedbrydes ekstraordinært. Det kan ske ved øget energiomsætning ved stresstilstand eller svær mangel på tilført energigivende nærringstoffer eller energi fra kulhydratdepoter og kropsfedt.